El Seminario constituye el lugar principal d formación como comunidad de verificación, confrontación, sostén y discernimiento de la vocación.
Conducir a los alumnos en el seguimiento de Jesucristo, por todos los tiempos y facetas del Seminario, asimilando la formación a la luz del Evangelio, del Magisterio y de los gritos del mundo, hasta encarnar una representación sacramental de Jesucristo Pastor, Cabeza y Esposo que sitúa al Presbítero en la Iglesia y al frente de ella, para cimentar y extender el Reino de los cielos por medio del triple ministerio.
El Seminario, como comunidad educativa, constituye el lugar principal de discernimiento, formación, acompañamiento y consolidación de la vocación presbiteral.
"Antes que un lugar o espacio material es un espacio espiritual, un itinerario de vida, una atmósfera que favorece y asegura el proceso formativo de modo que el llamado por Dios al Sacerdocio llegue a ser con el Sacramento del Orden una imagen viviente de Jesucristo Cabeza y Pastor de la Iglesia " (PDV 2).
El trabajo de formación presbiteral es dejarse envolver en todo el ser personal para que la Gracia genere lo que sólo ella puede generar.
El Seminario tiende a que el alumno asuma la "forma Christi". Conformación que se da por la gracia o acción divina, por los Sacramentos y especialmente por el Sacramento del Orden; lo cual supone el libre arbitrio del hombre y esto a su vez implica que el alumno asuma todos los medios y disposiciones necesarios para que todo en él sea regenerado, transformado y hecho capaz de llegar a ser instrumento y ministro de la gracia de Dios.
El Seminario Menor es una institución diocesana educativa destinada, en su Etapa de Preparatoria, a la formación de aquellos adolescentes y jóvenes que parecen poseer semillas de vocación al sacerdocio ministerial, proporcionándoles elementos de formación humana, espiritual, intelectual y pastoral en un proceso de acompañamiento y discernimiento vocacional, para que sepan descubrir los valores del Evangelio y apasionarse por ellos. Se pretende pues formar auténtica e integralmente hombres nuevos y cristianos coherentes. Se anhela contar con grupos de jóvenes optimistas, como una nueva generación, que responda al llamado de Dios mediante una opción libre, consciente, responsable y gozosa, para reorientar el rumbo de la humanidad y de la historia.
En su etapa del Curso Introductorio, busca iniciar a los alumnos de una manera alegre, positiva y kerygmática en la Historia de Salvación y en los misterios cristianos, como en una especie de noviciado, para que se entusiasmen por Cristo, por el Evangelio y por el Reino de Dios.
En las Etapas de Filosofía y Teología, busca configurar una comunidad educativa que revive la experiencia del Señor quien llamó a los Doce para que estuvieran en su compañía. Ofrece a los llamados por el Señor, una formación extrictamente sacerdotal; cultiva más clara y plenamente su vocación; les ayuda a formarse verdaderos pastores a ejemplo de Jesucristo, Cabeza y Pastor, Maestro y Sacerdote, Siervo y Esposo de la Iglesia, y a preparse y presidir Comunidades ejerciendo el ministerio de enseñar, santificar y regir al Pueblo de Dios en nuestra Arquidiócesis.
Partiendo de su pasado glorioso y buscando ser fiel a los tiempos, el Seminario mira lejos en el horizonte de futuro, y anhela entregar a la Arquidiócesis una nueva generación presbiteral, bien identificada e ilustrada, imbuída en el Evangelio y santa, que sacuda los polvos del mundo y que anuncie el Reino de Dios con la Palabra y el testimonio de los propia vida.
Sobre todo, comprende la tarea de entregar a la Iglesia Diocesana pastores celosos e intrépidos para reconducir a los hombres, sus ambientes e instituciones, de la indiferencia y de la descristianización a la vida en Cristo y en el Espíritu Santo (Cfr. Pref. Cristo Sumo y Eterno Sacerdote).
Por encima de todo, ha de campear la finalidad última de la Historia Salvífica y del Sacerdocio, que es la gloria de Dios y la Redención humana.